El trabajo de la Convención Bautista del Sur comenzó en está área en la casa de la familia J.C. Forman, de Empire, en 1908. El Rev. J.H. Sobey fue el primer pastor, y después, la Junta Misionera de la Convención Bautista del Sur mandó al Reverendo J.H. Coin y Sra, de Georgia, para tomar el trabajo. Durante los días de Construcción del Canal, la Compañía del Canal de Panamá combinó capillas y pabellones en diez campamentos de construcción. Estos fueron hechos disponibles para cultos, escuela dominical y otras actividades cristianas. La Junta Misionera edificó una pequeña capilla de madera y una casa pastoral en Gorgona mientras la Familia Coin estaba aquí. La Familia Coin volvió a los Estados Unidos , después de estar en Panamá seis meses. El Rev. Stephen Witt tomó el trabajo hasta que llegó el Rev. J.L. Wise. Después, el pueblo de Gorgona fue destruido para que el Lago Gatún pudiera ser hecho en ese sitio. El Dr. Wise llegó al Istmo de Panamá procedente del estado de Louisiana en 1905 y fue empleado como capellán por la comisión del Canal hasta 1917. Cuando el Canal se completó, el pueblo de Gorgona fue abandonado y la población fue mudada a los nuevos pueblos de Balboa y Altos de Balboa; la última siendo la ciudad administrativa de la Zona del Canal. La casa pastoral fue destruida y reconstruida en el sitio donde está ahora en el Boulevard Ancón..
Una escuela dominical de aproximadamente cincuenta miembros fue organizada en la casa pastoral y en un año creció hasta tener ciento treinta miembros. Una iglesia fue organizada y la Junta Misionera autorizó al Dr. Wise a construir un templo. Después de consultar con el Dr. D.F. Reeder, el honorable William J. Price (en ese tiempo ministro de los Estados Unidos a Panamá) y otros, fueron aprobados los planos para la estructura que tenemos actualmente. El Doctor Wise supervisó la construcción del edificio y ahorró a la Junta Misionera varios miles de dólares. El edificio fue completado en 1916. Su auditorio fue reconocido por sus excelentes efectos acústicos
Reformada y Confesional
"Y también todos los que quieran vivir piadosamente en Cristo Jesús padecerán persecución."(2 Timoteo 3:12)
La historia reciente de La Primera Iglesia Bautista de Balboa, tiene su inicio en una fecha memorable, el 14 de Octubre de 2007. Ciertamente la crisis que la Iglesia vivió a partir de ese día y los meses que le siguieron hasta finalizar ese año, no fueron al comienzo por causas directamente doctrinales pero como bien lo señalo el pastor Andy de la Cruz: «en cada crisis o ataque que enfrente la Iglesia sea desde adentro o afuera generalmente hay algo de tensión doctrinal Bíblica que origina estas luchas». A medida que transcurre el tiempo se da comienzo a una predicación y enseñanza de las doctrinas Bíblicas históricas sostenidas en las verdades eternas reveladas por Dios en su palabra Santa y registradas en las confesiones de fe Bautistas de Londres de 1689, y la confesión de Westmister.
Algunos que comenzaron este camino junto con la iglesia luego se apartaron (I de Juan Cap. 2 verso 19). La iglesia local aprendió que mientras pareciera que era débil entonces es que en verdad estaba fuerte. En mayo de 2009 ya se contaban con los estatuto reformados, aprobados y registrados por las autoridades de gobierno. Para el año 2008, en los días finales de Julio y comienzo de Agosto, se celebran los CIEN (100 años) de ministerio público de la Iglesia, ese años se dio inicio a los primeros intentos de establecer lazos de confraternidad con otras iglesias reformadas de América Latina (México y Santiago de los Caballeros de República Dominicana) aunque se detuvieron estás aspiraciones esperamos verla concretar en el tiempo del Señor. Pero a mediados del 2009 una puerta se abrió y los planes de confraternidad empiezan a tejerse con la Iglesia Betania de la Reforma de Cali, Colombia y la Cooperación Misionera Coreana en América Latina.
En el presente gozamos de la paz de nuestros Señor y Salvador que sobrepasa todo entendimiento. Tenemos seguridad, las raíces se han fortalecido por el constante soplar de los vientos de huracanes que azotaron a las puertas de la Iglesia. Han permanecidos hermanas con más de cuarenta (40) años de menbresia; se destacan las hermanas Ana de León, Magdalena Ravannio; otras de diez (10) años como Lastenia Laurens; hermanos del 2002 en adelante. Asisten familias tanto de la ciudad de Panamá, otros de la costa Atlántica de Colón, los hay de Arraiján, de Chorrera, de Vacamonte, de las provincias Centrales como Penonomé; nos han visitado hermanos de Norte América, Corea, Colombia y Perú. Seguimos siendo una congregación pequeña, más la palabra de nuestro Señor Jesucristo está presente «No temáis manada pequeña, porque a mi Padre le ha placido entregaros el reino de los cielos» (Lucas 12:32). La Primera Iglesia Bautista de Balboa recién ha conmemorado 102 años de ministerio público y 34 meses de iniciada la reforma. Todo sea por la Misericordia y la Gracia de nuestro Dios; a Él sea la gloria por toda la eternidad, hasta que el Señor venga por su Iglesia.